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[회계법인 마일스톤의 스타트업 CFO Case Study] 보유기간이 1년 미만인 주식을 양도하면 세금을 많이 내나요?

보유기간이 1년 미만인 주식을 양도하면 세금을 많이 내나요?

A는 올해 비상장 중소기업인 B사의 지분 10%를 B사의 기존 주주로부터 매수하였다. A는 B사의 기술력 및 성장성을 고려하여 B사의 지분을 장기간 보유할 계획이었으나, 최근 한 투자자로부터 B사의 지분을 좋은 가격에 팔지 않겠냐는 제안을 받아 매각을 고민 중에 있다.

A는 지인으로부터 보유기간이 1년 미만인 주식을 양도하면 양도소득세를 많이 내야 한다는 이야기를 들어서, B사의 지분을 양도하게 되면 양도소득세를 얼마나 부담해야 하는지 궁금하다.

대주주 여부 등에 따라 양도소득세는 달라진다

국내 비상장법인 주식을 양도하는 경우 주식을 양도하는 자가 대주주인지, 중소기업의 주식인지, 주식의 보유기간이 1년 미만인지 여부에 따라서 양도소득세율이 다르게 적용된다.

먼저, 비상장법인의 대주주를 판단하는 지분율 기준을 살펴보면, 주식 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 4% 이상의 지분(법에서 정하는 특수관계인의 지분 포함)을 보유한 자 및 특수관계인은 대주주에 해당하며, 직전 사업연도 종료일 현재 4%에 미달하였으나 그 후 주식을 취득하여 4% 이상이 된 경우에는 그 취득일 이후 대주주에 해당한다.

A는 작년에는 B사의 지분을 보유하지 않았으나, 올해 4% 이상의 지분을 취득하였으므로 대주주에 해당하게 된다.

한편, 국내 비상장법인 주식을 양도하는 경우로서, ①대주주가 양도할 것, ②중소기업이 아닌 기업의 주식일 것, ③ 보유기간이 1년 미만일 것, 3가지 요건에 모두 해당하는 경우에는 양도소득세율 33%(지방소득세 포함) 단일세율이 적용되며, 그 외 국내 비상장법인 주식을 양도하는 경우 양도소득세율은 과세표준 3억원 이하는 22%(지방소득세 포함), 3억원 초과분은 27.5%(지방소득세 포함) 누진세율이 적용된다.

A는 B사의 대주주이고, B사의 지분을 1년 미만 보유하였다. 다만, B사는 중소기업이므로, 상기 3가지 요건 중 2번째 요건을 충족하지 아니하므로, A가 B사의 지분을 양도하는 경우 22%와 27.5% 누진세율이 적용된다.

결론적으로, 보유기간이 1년 미만인 주식을 양도하는 경우라고 하여 무조건 고율(33%)의 세금을 부담해야 하는 것은 아니며, 국내 비상장법인 주식을 양도할 때에는 상기 3가지 요건에 해당하는지 여부를 잘 따져볼 필요가 있겠다. 

주식 양도소득세는 언제까지 신고·납부해야 하나요?

주식을 양도한 경우에는 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 예정신고·납부를 하여야 한다.

주식 양도에 대해 예정신고를 한 경우 원칙적으로 확정신고 의무는 없으나, 누진세율 적용대상 주식에 대한 예정신고를 2회 이상 한 자가 이미 신고한 양도소득금액과 합산하여 예정신고를 하지 아니한 경우 등 예외적인 경우에 확정신고 의무가 있으며, 이 경우 다음해 5월에 확정신고·납부를 하여야 한다.

A의 경우 내년 1월에 B사 지분을 양도한다면, 내년 8월말(양도일이 속하는 반기의 말일인 6월말일로부터 2개월)까지 양도소득세 예정신고·납부를 하여야 한다.

양도소득세 외 추가로 내야 하는 세금이 있나요?

주식을 양도하면 양도소득세와 별도로 증권거래세를 신고·납부해야 한다. 증권거래세는 양도소득세와 달리 양도차익이 아닌 양도가액에 대해 과세되며, 비상장법인 주식의 경우 양도가액의 0.35%가 과세된다.

저자 소개 : 회계법인 마일스톤
저자 블로그 : 회계법인 마일스톤 공식 블로그

마일스톤은 스타트업을 위한 회계법인입니다. ‘사업의 시작부터 기업의 정점까지’, 젊고 열정적인 구성원들은 스타트업이 직면하는 다양한 이슈와 요구에 적극적으로 대응합니다. 스타트업 초기부터 엑시트까지 단계별 재무 이슈와 관리 팁을 담은 ‘J커브를 위한 스타트업 재무 가이드북’을 발간하기도 했습니다.

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