중소기업에 대한 조세지원은 기업의 자금 부담을 완화하고 투자 여력을 강화하는 데 중요한 역할을 합니다. 이와 관련하여 조세특례제한법(이하 “조특법”)은 중소기업의 범위와 중소기업에 대한 각종 세제 혜택을 규정하고 있습니다. 따라서 조특법상 중소기업 해당 여부를 정확히 판단하는 것은 세제 혜택 적용 여부를 검토하는 데 있어 필수적인 절차입니다. 이하에서는 최근 개정 내용을 포함하여 조특법상 중소기업 요건을 간략히 정리합니다.

1. 업종 요건

조특법 적용 시 가장 먼저 확인해야 할 사항은 업종 요건입니다. 조특법 시행령 제2조에서는 부동산임대업 및 소비성서비스업을 중소기업 범위에서 제외하도록 규정하고 있습니다. 특히 2025년 2월 28일 개정된 시행령을 통해, 부동산임대업이 중소기업 제외 업종으로 포함되었으며, 성실신고 확인대상 소규모 법인도 중소기업에서 제외하도록 규정이 정비되었습니다. 해당 개정 내용은 2025년 2월 28일 이후 개시하는 과세연도부터 적용됩니다.

2. 규모 요건

조특법상 중소기업으로 인정되기 위해서는 업종별 매출 기준과 자산총액 기준을 모두 충족해야 합니다.

조특법은 해당 과세연도의 손익계산서상 매출액이 중소기업기본법 시행령 별표 1의 업종별 매출 기준 이내인 경우 해당 기업을 중소기업으로 인정합니다. 2025년 9월 중소기업기본법 개정으로 업종별 매출 기준이 상향되었으며, 2025년 9월 1일 이후 결산이 도래하는 기업부터 개편된 기준을 적용해야 합니다.

또한 업종별 매출 기준을 충족하더라도 과세연도 말 기준 자산총액이 5,000억 원 이상인 경우에는 중소기업으로 인정되지 않습니다. 즉, 두 기준 모두 충족해야 하며 어느 하나라도 기준 이상인 경우에는 조특법상 중소기업에서 제외됩니다.

3. 독립성 요건

조특법은 대기업집단의 지배를 받는 기업이 세제 혜택을 적용받는 것을 제한하기 위해 독립성 요건을 두고 있습니다.

공시대상기업집단에 속한 회사는 중소기업으로 보지 않으며, 자산총액 5,000억 원 이상인 법인이 30% 이상 지분을 직접 또는 간접적으로 보유하면서 최다출자자인 경우 역시 중소기업에 해당하지 않습니다.

또한 지배·종속 관계에 있는 관계기업의 경우 매출액을 합산하여 업종별 규모 기준을 판단합니다. 따라서 개별 기업의 매출만 보면 기준을 충족하더라도 관계기업을 포함한 전체 매출이 기준을 초과하는 경우에는 조특법상 중소기업에서 제외됩니다. 실무에서는 반드시 그룹 전체의 지분구조와 매출을 함께 검토할 필요가 있습니다.

4. 유예기간 적용

조특법은 일정 사유로 중소기업 기준을 벗어나는 경우에도 일정 기간 중소기업으로 간주하는 유예 제도를 두고 있습니다.

유예기간은 사유가 발생한 과세연도와 그 다음 5개 과세연도까지, 최대 6년간 적용됩니다. 기존 4년이었던 유예기간은 2024년 개정을 통해 확대되었으며, 2024년 11월 12일이 속하는 과세연도에 최초로 중소기업에 해당하지 않게 된 사유가 발생하는 경우부터 6년 유예기간 적용이 가능합니다.

다만 다음과 같은 경우에는 유예가 적용되지 않습니다.

• 중소기업이 아닌 기업과 합병한 경우
• 유예기간 중인 기업과 합병한 경우
• 독립성 요건을 충족하지 못하게 된 경우
• 창업 후 2년 이내 중소기업 기준을 초과한 경우

따라서 유예기간이 존재한다고 하더라도 모든 상황에서 자동 적용되는 것은 아니며, 유예 배제 사유를 주의 깊게 검토해야 합니다.

5. 결론

조특법상 중소기업 요건은 업종, 매출 규모, 자산총액, 지배구조, 유예기간 등 여러 요소를 종합하여 판단하도록 구성되어 있습니다. 특히 부동산임대업 제외, 업종별 매출 기준 상향, 유예기간 확대 등 최근 개정사항은 실무에 직접적인 영향을 미치는 내용입니다. 세제 혜택은 기업 재무에 미치는 영향이 큰 만큼, 조특법상 중소기업 요건을 정확히 이해하고 기준 변경 여부를 지속적으로 점검하는 것이 중요합니다.

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