비상장법인의 주식을 취득하여 법인의 과점주주가 되면, 해당 주주가 실질적으로 지배하게 된 법인의 부동산 등 자산을 취득한 것으로 보아 취득세가 부과되며, 이를 간주취득세라 합니다. 본 칼럼에서는 과점주주의 의미 및 과점주주의 지분율 변동에 따라 간주취득세가 어떻게 부과되는지 구체적으로 살펴보겠습니다.

1. 과점주주란?

지방세법상 과점주주란, 주주 1인과 그의 특수관계인의 지분을 합산하여 비상장법인의 발행주식 총수의 50%를 초과하고, 실질적인 권리를 행사하는 자들을 의미합니다. 즉, 단순히 주주 본인의 보유 지분만으로 판단하는 것이 아니라, 배우자·친족 등 특수관계인의 보유 지분까지 포함해 과점주주 여부를 판단해야 합니다.

2. 과세 제외 사례

(1) 법인 설립 시의 최초 과점주주

법인 설립과 동시에 과점주주가 된 경우에는 해당 법인의 자산이 원시적으로 형성된 것으로 보기 때문에 간주취득세 부과 대상이 아닙니다.

(2) 과점주주 간 지분 거래

이미 과점주주인 자들 간의 주식 이전은 전체 과점주주의 지분율에 변동이 없으면 과세되지 않습니다.

(3) 감자 또는 자기주식 취득 등으로 과점주주가 된 경우

유상감자 또는 회사의 자기주식 취득 등으로 인해 과점주주가 되거나 지분율이 상승하더라도, 이는 주식을 취득한 것이 아니므로 간주취득세가 부과되지 않습니다.

3. 지분율 변동에 따른 과점주주의 간주취득세

(1) 일반주주였다가 최초로 과점주주가 된 경우

최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 주식 등을 모두 취득한 것으로 보아 취득세를 부과합니다.

(2) 이미 과점주주가 된 주주의 지분이 증가한 경우

기존 과점주주가 지분을 추가로 취득해 이전 최고 지분율을 초과한 경우, 그 초과된 부분에 대해서만 간주취득세가 부과됩니다.

(3) 과점주주였으나 양도 등으로 일반주주가 되었다가 다시 과점주주가 된 경우

과점주주였던 자가 일반주주로 변경되었다가 다시 과점주주로 복귀한 경우, 이전에 과점주주가 된 당시의 주식 등의 비율보다 증가된 경우에만 그 증가분을 취득으로 보아 취득세를 부과합니다.

(4) 과점주주였다가 주식을 전부 양도하여 비주주가 된 후 다시 과점주주가 된 경우

주식의 전부 양도로 인하여 주주가 아니게 된 후 다시 과점주주가 된 경우, 과거에는 증가한 지분율에 대해서만 취득세를 부과한다는 심판례(조심2016지0860, 2016.12.28)가 있었으나, 2018년 지방세법 시행령 개정 이후에는 재취득한 지분 전체에 대해 간주취득세가 부과되는 것으로 해석하고 있습니다. 다만, 개정 이후에도 해석에 따라 논란의 여지가 있을 수 있으므로, 구체적 사례에서는 전문가의 자문이 필요합니다.

4. 마무리

간주취득세는 단순히 과점주주인지 아닌지만으로 결정되지 않습니다. 지분율의 변화나 과거 보유율, 특수관계인의 지분 변동 등 다양한 요소가 함께 작용합니다.

주식 거래를 고려하고 있다면, 사전에 지방세법과 관련 해석을 충분히 검토하고, 필요 시 전문가 자문을 구하여 불필요한 세금 리스크를 예방하는 것이 중요합니다.

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